Se le misure di altezza che ottenete sono importanti (e lo sono quasi sempre), allora si, dovete fare una calibrazione. Poiché la calibrazione dipende dalla scala, quando avete bisogno di fare misure molto specifiche, la cosa migliore è di calibrare lo strumento con un riferimento in altezza che abbia un gradino simile a quello in cui siete interessati. Per cui, nel caso degli step atomici, idealmente vorreste un gradino sub-nanometrico. Un campione adatto è tipicamente un altro gradino monoatomico. In altre parole, se state misurando oggetti nel range delle centinaia di nanometri, un reticolo di silicio con gradini simili è più adeguato.